Издалека здание напоминает детский конструктор и это соответствует задумке архитектора. Автором проекта стал Александр Асадов, но он признается, что идею ему подсказали врачи центра — они попросили, чтобы здание было как можно более жизнерадостным, ничем не напоминало типичную угрюмую больничную обстановку.

Комлекс центра представляет из себя несколько башен, главная из которых называется «Древо жизни». В башнях располагаются комнаты для проживания, пансионат, лечебный и исследовательский корпуса. Внутри — своеобразные квартирки из трех комнат, в каждой из которых живет малыш и его родители, общей гостиной, ванной, туалета и кухни.

В архитекторскую группу входил и Владимир Легошин, автор кардиологического научного центра. за обеспечение центра оборудованием отвечали немецкие специалисты.