Экспозиция музея представляет художественные образцы альтернативного и современного некоммерческого искусства.
Альтернативное (нонконформистское) искусство, существовавшее в 1950–1980-е годы в СССР, выходило за идеологические рамки развитого социализма и потому было вытеснено властями из общественной жизни. Из-за своего «подпольного» характера оно развивалось обособленно от мирового андерграунда и потому приобрело свой уникальный стиль. Непризнанные мастера сформировали собственную субкультуру.
У истоков музея стояли Сергей Ковальский и Евгений Орлов. В 1998 году они собрали в помещении в арт-центра «Пушкинская, 10» произведения, написанные во второй половине XX века независимыми художниками Петербурга (Ленинграда). Через год после основания музея на его базе открылся «Петербургский архив и библиотека независимого искусства». Новый отдел включал в себя информацию о неформальных подвижниках художественного мира Ленинграда 1940–1990-х годов прошлого века. В него вошла «самиздатовская» коллекция, большое количество плакатов, писем, одежды и личных вещей независимых художников.
В структуре Музея нонконформистского искусства работают независимые эксперты, при нем успешно функционирует Клуб независимых исследователей современного визуального искусства. Экспозиция размещена на площади 620 квадратных метров, в музее трудятся пять постоянных сотрудников. Ежегодно его посещают около 5600 человек. Количество единиц хранения — примерно 1400.
Арт-центр «Пушкинская, 10» — культовое место неофициальных деятелей культуры. В его пространстве успешно соседствуют художественные мастерские, репетиционные точки группы «ДДТ» и Вячеслава Бутусова, клуб Fish Fabrique и арт-галереи.
Музей принимает активное участие в концептуальных выставочных проектах молодых художников и сотрудничает с представителями искусства современных технологий, продвигает новые идеи и экспозиционные стратегии. Сотрудниками музея проводится огромная работа — число ежегодных выставочных проектов достигает 45, что сравнимо с количеством выставок в крупных российских и европейских государственных музеях.