Театр расположен в знаменитом Доме купцов Елисеевых, выстроенном архитектором Г. В. Барановским в стиле модерн. В 2014 году по результатам опроса общественного мнения Театр Комедии стал лучшим петербургским драмтеатром.
Роскошное здание на углу Невского и Малой Садовой возвели в 1904 году для Торгового дома Елисеевых, и с самого начала его существования на втором этаже находился театр. В первое время помещение арендовали различные антрепризные труппы, затем оно перешло к Театру Сатиры, который в середине 1930-х полностью потерял популярность и приобрёл репутацию худшего театра в городе.
Тогда управление культуры назначает руководителем театра художника-сценографа Николая Акимова, недавно с успехом дебютировавшего в качестве режиссёра с «Гамлетом» в Театре Вахтангова. Перед Николаем Павловичем поставили задачу восстановить театр за один год, и, если ему это не удастся, театр закроют. Но в течение года произошло невероятное — театр «загремел» на весь город.
Акимов смело экспериментировал: полностью обновил коллектив, среди прочего расставшись даже со знаменитой актрисой Еленой Грановской и теа-джазом Леонида Утёсова. Труппа помолодела и за счёт молодёжной студии «Эксперимент», руководил которой Акимов. На сцене заблистали таланты Александра Бениаминова, Лидии Сухаревской, Ирины Зарубиной, Сергея Филиппова.
Тогда же началось сотрудничество с Евгением Шварцем, специально для Акимова написавшим «Тень» и «Дракона». А благодаря переводчику Михаилу Лозинскому в афише появились пьесы Лопе де Вега, Шекспира, Шеридана. Тогда же театр получил своё современное название — Театр Комедии.
Театр продолжал работать в первые месяцы Великой Отечественной войны, постановки шли в стенах БДТ — здании с бомбоубежищем, где проживали семьи артистов и сам худрук. В конце года театр был эвакуирован в Ашхабад, где в военные годы выпустил 16 новых спектаклей. А в 1949 году, уже в Ленинграде, Акимов был обвинён в «формализме» и «западничестве» и отстранён от должности. Вернулся режиссёр только через семь лет и сразу поставил «Обыкновенное чудо» Евгения Шварца.
После кончины легендарного режиссёра руководители театра сменялись один за другим. В 1970—80-х труппой руководили Вадим Голиков, Пётр Фоменко, Юрий Аксёнов. В 1986 году Театр Комедии имени Акимова получил имя своего фактического основателя. С 1995 года и до сегодняшнего дня театром руководит Татьяна Казакова, сохраняющая лучшие традиции Акимова.
В Театре Комедии имени Акимова играют артисты, уже ставшие легендой, — Вера Карпова, Светлана Карпинская, Валерий Никитенко, Юрий Лазарев. Репертуар театра составляют лучшие образцы классической и современной комедии — пьесы Шекспира, Мольера, Гольдони, Островского, Рощина, Арбузова, а также детские постановки.